Bionano Genomics, Inc. (NASDAQ:BNGO) today announced the publication of a study of optical genome mapping (OGM) in hereditary breast and ovarian cancer (HBOC) syndrome showing that when tumors exhibited higher overall numbers of structural variations (SVs) they tended to have more mutated genes and altered signaling pathways, which may correlate with poor prognosis, tumor progression and chemotherapy resistance. Researchers also found that OGM was able to detect chromothripsis events and novel gene fusions in cancer tissues with high accuracy, including novel gene fusions that were not detected by other methods.
HBOC syndrome is estimated to cause 5-10% of all breast cancers and is commonly characterized by harmful germline mutations in the BRCA1 or BRCA2 genes. Due to limitations inherent in common methods of genome analysis, researchers have limited knowledge regarding the potential impact of structural abnormalities and SV heterogeneity in HBOC-related cancers. The study authors selected OGM for this analysis due to its ability to detect multiple classes of SVs with genome-wide coverage, high resolution and accuracy.
Study authors categorized the HBOC-related breast cancer samples into two groups, SVhigh and SVlow, based on the number of SVs detected by OGM, high or low Ki-67 expression, and the number of mutated genes and altered signaling pathways. The authors noted that SVhigh samples were associated with higher Ki-67 expression and higher homologous recombination deficiency (HRD) scores, indicating that genetic alterations may have potential predictive and therapeutic significance. The SVhigh samples also showed higher numbers of chromothripsis events and novel gene fusions than the SVlow samples. Eight novel gene fusions were identified by OGM, including three that had not previously been detected by other methods of analysis. These gene fusions may be involved in drug resistance and tumor development.
"We are pleased to see the publication of this study, which highlights OGM as a promising tool for detecting novel variants in HBOC-related breast cancer that have oncogenic potential. We believe the comprehensive assessment of the role SVs play in breast cancers with abnormal DNA repair functions might expand our current understanding of disease progression and precision medicine in breast cancer," commented Erik Holmlin, PhD, president and chief executive officer of Bionano.
Bionano Genomics社は、ヘリタブル乳がんおよび卵巣がん症候群における光ゲノムマッピング（OGM）の研究を発表し、腫瘍がより多くの構造変異（SV）を示す場合、変異遺伝子および変異したシグナル伝達経路がより多い傾向があり、それは予後不良、腫瘍進展および化学療法に対する抵抗性と相関する可能性があることが示されました。 研究者らは、OGMがゲノム全体のカバレッジ、高分解能および高精度で複数のSVクラスを検出する能力により、この分析にOGMを選択したと述べています。また、研究者らは、OGMで検出されたSV数、高低のKi-67発現、および変異遺伝子および変異したシグナル伝達経路の数に基づいて、HBOC関連の乳がんサンプルをSVhighおよびSVlowの2グループに分類しました。 SVhighサンプルには高いKi-67発現と高い同型再結合欠陥（HRD）スコアが関連していることが研究者らによって指摘され、 ゲノムの変異は予測的および治療的な意義を持つ可能性があることを示唆しています。 SVhighサンプルはまた、SVlowサンプルより多くのクロモサム破壊イベントおよび新規遺伝子融合を示しました。 OGMによって8つの新規遺伝子融合が同定されましたが、その中には、他の解析手段では検出されなかったものが3つ含まれます。これらの遺伝子融合は、抗がん剤耐性や腫瘍発達に関与している可能性があります。BionanoのCEOであるErik Holmlin博士は、「我々は、この研究の発表を見て、がん原性を持つHBOC関連乳がんでの新規変異の検出に有望なツールとしてのOGMを強調することを嬉しく思っています。異常なDNA修復機能を持つ乳がんのSVが果たす役割の包括的評価は、乳がんの病態進行および精密医療における現在の理解を拡大するかもしれません。」とコメントしています。
HBOC症候群は、すべての乳がんの5〜10％を引き起こすと推定されており、有害な生殖細胞におけるBRCA1またはBRCA2遺伝子の突然変異によって一般的に特徴づけられます。 一般的なゲノム解析手法に固有の制限のため、研究者らはHBOC関連のがんにおける構造異常とSVの異質性の潜在的な影響に関する限られた知識を持っています。 この解析のために、研究者らはOGMを選択しました。OGMの特長としては、ゲノム全体のカバレッジ、高分解能および高精度で複数のSVクラスを検出する能力があります。明らかにされた研究者は、OGMにより検出されたSVの数、高いまたは低いKi-67発現、および変異遺伝子および変異シグナル伝達経路の数に基づいて、HBOC関連の乳がんサンプルをSVhighおよびSVlowの2グループに分類しました。BRCA1またはBRCA2
研究者らは、OGMで検出されたSVの数、高いまたは低いKi-67発現、および変異遺伝子および変異したシグナル伝達経路の数に基づいて、HBOC関連の乳がんサンプルをSVhighおよびSVlowの2グループに分類しました。 SVhighサンプルは、高いKi-67発現および高い同型再結合欠損（HRD）スコアと関連していることが指摘され、SVhighサンプルは遺伝子の変異が予測的および治療的な意義を持つ可能性があることを示唆しています。SVhighサンプルは、SVlowサンプルよりも多くのクロモサム破壊イベントおよび新規遺伝子融合を示しました。 OGMによって、他の解析手法で検出されなかった8つの新規遺伝子融合が同定されました。これらの遺伝子融合は、抗がん剤耐性や腫瘍の発達に関与している可能性があります。
Bionanoの社長兼CEOであるErik Holmlin博士は、「我々は、がん原性を持つHBOC関連の乳がんでの新規変異の検出に有望なツールとしてのOGMを強調することを嬉しく思っています。異常なDNA修復機能を持つ乳がんのSVが果たす役割の包括的評価は、乳がんの病態進行および精密医療における現在の理解を拡大するかもしれません。」とコメントしました。
